Ich vermisse jetzt den Grund, warum der 24/7 laufen soll.
Ich würde mir mal die Xeon CPUs ansehen für Sockel 1155, da fehlt auch in der Regel die interne Grafik:
Datensicherheit hat wohl auch oberste Priorität, da sollten es dann Festplatten sein für Dauerbetrieb:
http://geizhals.at/de/?cat=hde7s&xf=1654_geeignet+f%FCr+Dauerbetrieb%7E960_5%7E958_500&sort=p
Und nein, die Caviar Black sind nicht für Dauerbetrieb spezifiziert.
Ansonsten kann man noch sagen, je weniger Komponenten verbaut sind, umso weniger kann kaputt gehen. Bezieht sich z.B. auf 4x8GB RAM anstatt von 8x4GB. Und umso kühler das System, umso unwahrscheinlicher ist ein Defekt. Insbesondere die Festplatten sollten vor einem Lüfter hängen. Und wenn du mehrere CPUs hast, die in Frage kommen, nimm die mit dem wenigsten Stromverbrauch. Was deine geplanten 140mm Kühler in der Seitenwand betrifft. Normale Kühlung sähe so aus, vorne unten rein, oben hinten raus. So liegen alle Komponenten im Kühlungswind. Vorne unten dann zwei 120mm oder 140mm Kühler übereinander, wo davor dann direkt der Festplattenkäfig ist. Aussen vor den Kühlern sollten natürlich Filter sein, sollte Standard sein bei besseren Gehäusen. Eine Grafikkarte, die die eigene heisse Luft direkt hinten rausbläst, wäre auch gut, weiss jetzt nicht, ob deine ausgesuchte das macht.