Also wenn du vor hast Windows auf der root Partition zu installieren, wird es kompliziert da dort schon Ubuntu ist. Um das machen zu können, darf / nicht auf die root Partition zeigen, da Du die überschreiben möchtest. Dazu kann man eine ähnliche Technik wie in der initrd nutzen. Zuerst eine minimale Linux Distribution auf ein anderes Device installieren. Hierbei bietet die die Ramdisk unter /dev/shm an und dann den Kernel mit pivot_root / und /dev/shm tauschen lassen. Dabei muss natürlich aufgepasst werden, dass keine Dateien noch von der Rootpartition offen sind und alle benötigten Kernelmodule geladen bzw. in der Distri unter /dev/shm verfügbar sind. Anschließend kann man die alte Rootpartition aushängen. Zudem muss die minimale Linux Distribution in /dev/shm überhaupt rein passen. Das ganze hat natürlich unheimlich viel Potential in die Hose zu gehen :coolface:.
Hast Du es bis dort hin geschafft, musst Du noch irgendwie Windows auf die Rootpartition bekommen. Eine VM + Image + Speicher für die VM wirst Du vermutlich nicht geladen bekommen, da irgendwann der Speicher erschöpft ist. An der Stelle könnte man vielleicht das Device der Rootpartition über das Netz forwarden und zu Hause auf einer Linuxkiste dann mit Virtualbox darauf Win installieren. Also noch mehr Potential, dass es schief geht.
Wenn Du wirklich zwingend einen Win Server für irgendwelche Anwendungen benötigst, musst Du wohl einfach die höheren Gebühren für einen Win Server zahlen. Hetzner muss schließlich die Lizenzkosten irgendwie umlegen.
Alternativ kannst Du auch bei Microsoft Azure nach Maschinen schauen. Da zahlt man wiederum Aufpreis für Linux Maschinen.